zipコマンドとunzipコマンド

zipでパスワードをかける場合、

zip -e hoge.zip hoge.txt #プロンプトでパスワード聞かれる
zip -P hoge hoge.zip hoge.txt #hogeというパスワードで圧縮する

となる。
unzipでパスワード解凍する場合

unzip hoge.zip #プロンプトでパス聞かれる
unzip -P hoge hoge.zip #hogeというパスワードで解凍する

これで、シェルからパスワード圧縮および解凍できるね